國家稅務總局惠州仲愷高新技術產業開發區稅務局，是由原惠州市仲愷高新技術產業開發區國家稅務局、原惠州市仲愷高新技術產業開發區地方稅務局合并而成。

2018年7月20日，國家稅務總局惠州仲愷高新技術產業開發區稅務局正式掛牌，標志著原惠州市仲愷高新技術產業開發區國家稅務局、原惠州市仲愷高新技術產業開發區地方稅務局正式合并。

國家稅務總局惠州仲愷高新技術產業開發區稅務局的主要職責是：負責貫徹執行黨的路線、方針、政策，加強黨的全面領導，履行全面從嚴治黨責任，負責黨的建設和思想政治建設工作。組織落實國家規定的稅收優惠政策。組織開展收入分析預測。負責開展稅收經濟分析和稅收政策效應分析，為上級稅務機關和仲愷高新技術產業開發區委、區管理委員會提供決策參考。負責所轄區域內各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征收管理。組織實施稅（費）源監控和風險管理，加強大企業和自然人稅收管理。負責組織實施本單位稅收、社會保險費和有關非稅收入服務體系建設。負責所轄區域內國際稅收和進出口稅收管理工作，組織反避稅調查和出口退稅事項辦理。負責增值稅專用發票、普通發票和其他各類發票管理。負責稅收、社會保險費和有關非稅收入票證管理。負責組織實施本單位各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征管信息化建設和數據治理工作。組織實施稅收執法督察。負責本單位績效管理和干部考核工作。負責本單位機構、編制、經費和資產管理工作。